Évolution du CIR sur les années 2023, 2024 et 2025
Il est temps de faire le bilan de l’évolution du CIR entre 2023 et 2025, afin d’entre-apercevoir ce que pourrait être le CIR 2026.
Entre 2023 et 2025, le cadre du CIR a été significativement resserré. Le Guide du CIR 2023 a introduit des mises à jour sur la procédure d’agrément des prestataires R&D et formulé de nouvelles recommandations pour constituer le dossier justificatif des travaux de recherche. Le Guide 2024 a renforcé ces conseils en détaillant un modèle de dossier et en clarifiant la définition des activités de R&D éligibles, notamment le critère du développement expérimental. Enfin, le Guide 2025 reflète des changements législatifs majeurs : arrêt anticipé du dispositif « jeune docteur », réduction du forfait de frais de fonctionnement et suppression de certaines dépenses éligibles (brevets, veille) après février 2025. Ces évolutions visent à sécuriser le CIR en concentrant l’avantage fiscal sur les véritables opérations de R&D et en limitant les dépenses périphériques. Le tableau ci-dessous récapitule les principaux changements entre les guides 2023, 2024 et 2025.
Nouveautés 2023
• Procédure d’agrément : section remaniée, avec des critères mis à jour pour l’agrément des organismes de recherche privés.
• Dossier justificatif : conseils formalisés (en « encadrés verts ») sur la constitution du dossier scientifique et financier, élaborés avec le MESR et l’administration fiscale.
• Éligibilité R&D : rappel des 5 critères du Manuel de Frascati (nouveauté, créativité, incertitude, systématicité, transférabilité) sans changement majeur, mais accent mis sur la différenciation entre R&D et ingénierie pour orienter les déclarants.
Nouveautés 2024
• Dossier justificatif renforcé : un modèle de dossier type et un tableur de suivi des coûts sont mis à disposition. Des recommandations détaillées guident les entreprises pour décrire leurs opérations de R&D et rassembler les preuves (publications, indicateurs, etc.).
• Clarification des critères R&D : explications enrichies sur le périmètre de la « recherche éligible » – par ex., meilleure définition du développement expérimental et de la frontière entre une activité d’ingénierie et une véritable activité de R&D. Ceci aide à mieux identifier les travaux ouvrant droit au CIR.
• Autres points : pas de modification des taux du crédit d’impôt (30 % jusqu’à 100 M€ puis 5 %) ni des dépenses éligibles majeures en 2024, mais le guide insiste sur la documentation interne immédiate des travaux (tenir le dossier scientifique à jour au fil des projets) pour anticiper tout contrôle.
Nouveautés 2025
• Dispositif Jeune docteur : Supprimé pour les nouveaux recrutements. Jusque-là, le guide précise que la majoration de 200 % s’appliquait encore aux salaires de docteurs embauchés avant cette date (et pendant 2 ans).
• Frais de fonctionnement : Réduction du forfait. Il reste 43 % des dépenses de personnels R&D jusqu’au 14/02/2025, puis passe à 40 % à compter du 15/02/2025. (Le forfait reste 75 % des dotations aux amortissements des immobilisations R&D.)
• Dépenses de brevets : Exclusion progressive. Sont éligibles uniquement les frais de dépôt, maintenance et défense de brevets/COV « exposés avant le 15/02/2025 ».
• Veille technologique : Exclusion progressive. Les dépenses de veille ne sont éligibles que jusqu’au 15/02/2025.
• Notion d’« activités indispensables » : Introduction formelle de ce concept. Le guide explique que certaines travaux scientifiques ou techniques non R&D en soi mais indispensables à un projet de R&D peuvent être inclus dans l’assiette du CIR du donneur d’ordre.
• Procédure d’agrément : Évolution des modalités. Le guide 2025 détaille la procédure rénovée de demande d’agrément CIR des prestataires : rythme de dépôt, contenu attendu et critères d’appréciation par le MESR.
Enjeux et décisions prises
Ces ajustements traduisent une volonté des pouvoirs publics de cibler davantage le CIR sur l’effort de R&D effectif et d’en améliorer le contrôle. Les modifications de 2023 (procédure d’agrément et dossier justificatif) ont cherché à sécuriser l’utilisation du CIR : en guidant mieux les entreprises, on réduit les erreurs ou interprétations excessives. L’accent mis sur la distinction entre activité d’innovation ordinaire et véritable R&D (via les critères de Frascati) permet de circonscrire l’assiette aux travaux résolument novateurs, et non à de simples améliorations techniques. En 2024, face à des contrôles fiscaux de plus en plus exigeants, le guide a fourni des outils concrets (dossier-type, exemples de « bonnes pratiques ») afin que chaque entreprise constitue dès le fil de l’eau une documentation robuste de ses projets de recherche. Cela répond à un enjeu majeur : la principale cause des redressements CIR proviennent d’un défaut de justification scientifique – d’où la nécessité de formaliser méthodiquement la démarche de R&D (état de l’art, verrous, protocoles, résultats) et les contributions externes.
En 2025, les évolutions ont été dictées par des objectifs budgétaires et d’efficacité. La Loi de finances a resserré le dispositif pour en réduire le coût et éliminer certaines dépenses jugées indirectes. La fin du “bonus jeune docteur” au 15 février 2025, notamment, s’explique par la volonté de redéployer cette aide différemment (voir perspectives 2026) ; entre 2008 et 2024, ce bonus incitatif permettait aux entreprises de financer à 120 % le salaire d’un docteur pendant deux ans, mais il arrivait à expiration et n’a pas été prolongé dans sa forme initiale. De même, les dépenses de propriété intellectuelle et de veille – qui ne reflètent pas directement un travail de recherche mais plutôt sa protection ou la capitalisation de connaissances – ont été exclues de l’assiette du CIR à compter de 2025. Cette décision vise à recentrer le crédit d’impôt sur les dépenses de recherche stricto sensu (personnel R&D, amortissements, sous-traitance agréée, etc.) ; elle s’est accompagnée d’une baisse du forfait de frais de fonctionnement pour mieux coller aux frais généraux réels de la R&D (le taux de 43 % n’avait pas changé depuis des décennies). En pratique, les entreprises verront une diminution du CIR obtenu à dépenses constantes dès 2025, en particulier celles qui mobilisaient fortement ces postes désormais exclus (brevets, veille) ou bénéficiaient du doublement jeune docteur.
Parallèlement, sur le plan qualitatif, l’introduction dans le guide 2025 de la notion de « travaux indispensables » consacre une jurisprudence favorable aux entreprises. Elle permet de défendre l’éligibilité de dépenses supportées en externe dès lors qu’elles sont indissociables d’un projet de R&D.
Selon le nouveau guide, le MESR vient préciser cette définition en apportant quatre critères cumulatifs permettant de qualifier une activité d’« indispensable » à une activité de R&D. Pour être qualifiée d’activité « indispensable » à une opération de R&D, l’activité en question doit désormais :
- Être réalisée dans le cadre d’une opération répondant aux critères de la R&D ;
- Avoir un objet en lien direct avec l’objet de la recherche menée dans le cadre de cette opération ;
- Être réalisée par une personne ou une équipe qui présente des qualifications techniques pour comprendre et/ou mener celle-ci ;
- Aboutir à un résultat qui n’existe pas par ailleurs ou qui n’est pas accessible.
Le Guide du MESRI 2025 précise : “Les travaux indispensables réalisés pour un donneur d’ordre ne peuvent pas être déclarés au CIR en propre par le prestataire non agréé qui les a menés, dans la mesure où ce ne sont pas des activités de R&D au sens du CIR (absence des cinq critères du Manuel de Frascati) et qu’ils ne se rattachent pas à une R&D réalisée en interne déclarée au CIR. Dans le cas où il serait agréé, ces travaux indispensables pourraient être déclarés par le donneur d’ordre dès lors qu’ils se rattachent à une opération de R&D menée par ce dernier.“
Actions en cours et perspectives 2026
Le cadre du CIR continue d’évoluer en 2025–2026, dans le prolongement de ces orientations. Plusieurs modifications sont envisagées pour 2026 afin de poursuivre le soutien à l’innovation tout en contrôlant son efficience.
Réinstauration probable d’un bonus « Jeune docteur » aménagé (dès 2026) – Le Gouvernement a proposé de remplacer l’ancien dispositif par un surcroît de 130 % des dépenses de personnel docteur sur deux ans (portant ainsi le taux effectif à 230 % au lieu de 200 %). Concrètement, une embauche de docteur ouvrirait droit à un crédit de 30 % × 2.3 = 69 % du salaire (au lieu de 30 % × 2 = 60 % précédemment). Ce nouveau bonus, moins généreux qu’avant, viserait à continuer d’encourager l’embauche de docteurs tout en réduisant légèrement l’avantage par rapport au dispositif expiré en 2025.
Crédit d’impôt « innovation » spécial IA – Face à l’essor de l’intelligence artificielle et à ses coûts d’infrastructure, des députés ont voté un amendement pour introduire un nouveau crédit d’impôt en faveur de l’IA. Il permettrait d’inclure les dépenses en capacités de calcul haute performance (achats de processeurs GPU/CPU dédiés au calcul scientifique) dans l’assiette du CIR ou d’un crédit parallèle. Cette mesure, encore à affiner, traduit la volonté d’élargir le soutien fiscal aux investissements matériels stratégiques nécessaires à la R&D en IA. Si elle est adoptée, les entreprises pourraient bénéficier d’un crédit de 20 % (sous forme d’un CII spécifique) sur l’acquisition de certains serveurs de calculs et ressources cloud pour l’IA, ce qui n’était pas possible jusqu’ici (le CIR ne portant que sur des dépenses de R&D opérationnelles).
Mesures anti-délocalisation – Le législateur s’est penché sur des amendements visant à conditionner le CIR : il était proposé d’exclure du bénéfice du crédit les entreprises qui ferment des sites de R&D en France pour les transférer à l’étranger, ou de les obliger à rembourser le CIR perçu les années précédentes en cas de délocalisation massive. Bien que votées en première lecture, ces mesures ont été rejetées dans la version actuelle du PLF (elles soulevaient des difficultés juridiques et pourraient contrevenir au droit européen). A priori, elles ne figureront pas dans la loi définitive. Néanmoins, le message est clair : le Gouvernement surveille l’usage du CIR et souhaite s’assurer que ce soutien profite à l’emploi scientifique en France. A minima, on peut s’attendre à un renforcement du reporting et du suivi des retombées (par exemple via l’annexe 2069-A-1 obligatoire au-delà de 10 M€ de dépenses, qui exige de détailler le nombre de chercheurs et docteurs financés).
Extension du CICo – Par ailleurs, il est prévu de prolonger jusqu’en 2028 le Crédit d’Impôt Collaboration (CICo) qui devait expirer fin 2025. Ce crédit connexe, instauré récemment, incite les projets de recherche collaborative public-privé (30 % des dépenses confiées à des laboratoires publics, plafonné à 6 M€). Son prolongement s’inscrit dans la stratégie de soutien à l’innovation ouverte et aux partenariats entre entreprises et organismes de recherche. De même, le CII « collections » (crédit d’impôt innovation pour les dépenses de prototype dans certains secteurs créatifs) serait prorogé jusqu’en 2028, tout comme l’exonération JEI (jeune entreprise innovante) sur les impôts locaux.
Recommandations
Compte tenu de ces évolutions, voici quelques conseils pour optimiser et sécuriser vos démarches CIR.
Compte tenu de ces évolutions, voici quelques conseils pour optimiser et sécuriser vos démarches CIR.
Documentez rigoureusement vos projets R&D : suivez le modèle fourni par le MESR : pour chaque opération de R&D déclarée, décrivez l’état de l’art, les verrous scientifiques, la méthodologie expérimentale et les résultats (même négatifs) obtenus. Justifiez en quoi les travaux sont originaux et incertains, en les replaçant vis-à-vis des connaissances existantes. Conservez les livrables scientifiques (rapports, publications, brevets éventuels, communications en congrès) car le contrôleur pourra les exiger.
Identifiez les « travaux indispensables » et traitez-les à part : si une dépense ne remplit pas directement les critères de R&D mais est essentielle à un projet (tests réglementaires, prototypage spécifique, études préalables), vous pouvez la déclarer en tant que dépense indispensable. Dans le dossier, expliquez bien le lien avec l’opération de R&D principale et mentionnez qui la réalise.
Tenez compte des dépenses exclues dès 2025 : adaptez votre calcul prévisionnel du CIR aux nouvelles règles. Les frais de brevet, de maintenance et de défense juridique ne produisent plus de crédit d’impôt au-delà du 15 février 2025. De même, les dépenses de veille technologique (veille scientifique, salons, bases de données) après cette date sont à exclure du formulaire. Recentrez vos demandes sur les frais de personnel R&D, les amortissements éligibles et la sous-traitance agréée.
Profitez des nouvelles mesures incitatives : si le nouveau bonus jeune docteur entre en vigueur en 2026, envisagez d’en bénéficier. L’embauche d’un docteur reste doublement avantageuse : outre ses compétences, une large part de son salaire peut être financée par le CIR. Même ramené à ~70 % de coûte (contre ~90 % auparavant), l’avantage fiscal reste substantiel. Intégrez-le dans vos calculs de ROI à l’embauche. Par ailleurs, si vous engagez des dépenses d’équipements d’IA (matériel de calcul), surveillez la création du Crédit d’Impôt Innovation – IA. Le cas échéant, regroupez vos investissements éligibles et conservez les factures détaillées, car ce crédit pourrait constituer un nouvel appui financier significatif pour vos projets IA.
Anticipez l’approche contrôleur : le renforcement des obligations (télédéclaration obligatoire, annexes détaillées) signifie que l’administration dispose de plus d’informations pour cibler ses contrôles. Vérifiez la cohérence entre vos déclarations et votre dossier interne. Par exemple, veillez à ce que les montants de sous-traitance déclarés correspondent à des contrats d’organismes agréés et à ce que les factures correspondantes soient disponibles. De même, si vous utilisez un cabinet conseil en CIR, mentionnez-le dans le formulaire (nouvelle case « dépenses de conseil »), et assurez-vous que sa rémunération respecte le plafond pour éviter toute réduction de votre crédit.
Le CIR évolue vers plus de ciblage et de transparence
En plaçant la justification scientifique au cœur du processus et en supprimant certains effets d’aubaine périphériques, l’administration cherche à préserver le caractère incitatif du dispositif tout en s’assurant que chaque euro de crédit d’impôt correspond à une réelle activité de recherche et développement en France. Pour les entreprises, l’enjeu est de s’adapter à ces nouvelles règles : cela passe par une gestion proactive du dossier CIR, une veille des changements réglementaires (par ex. la loi de finances à venir) et une collaboration étroite entre les équipes scientifiques, financières et fiscales. En procédant ainsi, vous pourrez continuer à sécuriser ce financement précieux de vos efforts d’innovation, tout en évitant les écueils lors des contrôles futurs. Grâce à une préparation rigoureuse et à l’alignement sur les dernières recommandations du guide, le CIR restera un atout majeur pour soutenir vos projets de R&D et d’innovation technologique.
